佛學(xué)院設(shè)有教務(wù)處、學(xué)生處、學(xué)銜處、研究室、辦公室、總務(wù)處和人事處七個正處級職能部門，另設(shè)教材辦公室和西黃寺管理處兩個臨時機(jī)構(gòu)。

　　1、教務(wù)處: 負(fù)責(zé)制定教學(xué)計劃；負(fù)責(zé)師資聘用管理和思想工作；負(fù)責(zé)教學(xué)評估、教學(xué)研究；負(fù)責(zé)編輯內(nèi)部刊物《學(xué)習(xí)園地》雜志；負(fù)責(zé)學(xué)院相關(guān)的佛事活動及服務(wù)工作；負(fù)責(zé)學(xué)銜工作；負(fù)責(zé)藏傳佛教學(xué)銜工作指導(dǎo)委員會辦事機(jī)構(gòu)的相關(guān)工作。

　　2、學(xué)生處：負(fù)責(zé)制定招生計劃，落實招生工作和組織招生調(diào)研；負(fù)責(zé)學(xué)員在校期間的學(xué)習(xí)、生活、活動等的組織與管理；負(fù)責(zé)學(xué)員檔案的建立與管理；負(fù)責(zé)學(xué)員的思想政治工作和掌握師生的思想動態(tài)。

    3、學(xué)銜處：負(fù)責(zé)學(xué)銜制度建設(shè)，學(xué)銜授予組織實施；負(fù)責(zé)藏傳佛教學(xué)銜工作指導(dǎo)委員會及評定委員會相關(guān)工作；負(fù)責(zé)藏傳佛教代表人士培訓(xùn)并制定培訓(xùn)計劃，負(fù)責(zé)培訓(xùn)聯(lián)絡(luò)和組織實施工作等。

　　4、研究室：負(fù)責(zé)藏傳佛教傳統(tǒng)學(xué)經(jīng)制度、僧人教育情況和各教派傳統(tǒng)寺院教育與現(xiàn)狀的調(diào)查研究，完善藏傳佛教學(xué)銜制度；承擔(dān)學(xué)院《教義闡釋園地》編印等相關(guān)工作；負(fù)責(zé)學(xué)院對外宣傳工作和圖書館建設(shè)與管理；負(fù)責(zé)學(xué)院網(wǎng)絡(luò)管理及電子設(shè)備維護(hù)服務(wù)。

    5、辦公室：負(fù)責(zé)全院行政事務(wù)；負(fù)責(zé)財務(wù)、安保、交通、機(jī)要、文秘、文書檔案管理、聯(lián)絡(luò)接待等工作；負(fù)責(zé)全院工作的組織協(xié)調(diào)；負(fù)責(zé)學(xué)院各類會議的組織工作。

　　6、人事處：負(fù)責(zé)人事管理工作，制訂全院的人事工作計劃；負(fù)責(zé)人員的錄用、調(diào)配、晉升、職稱評聘、任免程序的組織和相關(guān)手續(xù)的辦理，負(fù)責(zé)工資、福利核定，考勤管理，干部培訓(xùn)，人事統(tǒng)計，人事檔案管理，社會保險等相關(guān)工作；兼黨務(wù)工作職責(zé)，承擔(dān)黨支部交辦的各項工作以及工青婦群工作；負(fù)責(zé)外事管理、外事政審及港澳臺等工作；負(fù)責(zé)離退休手續(xù)的辦理，離退休人員的管理等工作；負(fù)責(zé)思想政治教育、計劃生育、遺屬撫恤等工作。

    7、總務(wù)處：負(fù)責(zé)后勤管理及后勤保障（含物業(yè)及食堂管理）；固定資產(chǎn)管理；政府采購，包括學(xué)院所有耗材、辦公用品、禮品的采購；房屋管理及維修；文物及環(huán)境保護(hù)等工作；基本建設(shè)、安全生產(chǎn)等工作。

　　臨設(shè)機(jī)構(gòu)職能：

　　1.教材辦：負(fù)責(zé)提出教材體系建設(shè)方案；擬定各班次教學(xué)大綱；研究編制教學(xué)科目課時安排，提出教材編寫方案；編寫教材。

　　2、西黃寺管理處：負(fù)責(zé)西黃寺的文物保護(hù)、宣教、展覽等。