1651年（清順治八年）- 1652年（清順治九年），清政府撥銀九萬兩，在遼代蕭太后燕京行宮的基礎(chǔ)上改建為西黃寺，供五世達(dá)賴?yán)镌诰v錫之用。

1653年（清順治十年），五世達(dá)賴?yán)镉P見順治皇帝，駐錫西黃寺。

1723年（清雍正元年），一世哲布尊丹巴呼圖克圖重修西黃寺所造三世佛像、八大菩薩像。

1723年（清雍正元年），東碑亭內(nèi)立雍正皇帝御書“西黃寺碑”（現(xiàn)下落不明），以紀(jì)念哲布尊丹巴呼圖克圖等重修西黃寺竣工。

1769年（清乾隆三十四年）- 1771年（清乾隆三十六年），西黃寺再次大規(guī)模重修。

1771年（清乾隆三十六年），西碑亭內(nèi)立乾隆皇帝御書“重修西黃寺碑”（現(xiàn)下落不明），以紀(jì)念三世章嘉等組織重修西黃寺竣工。

1780 年（清乾隆四十五年）九月初二日，六世班禪額爾德尼·羅桑巴丹益希駐錫西黃寺，多次覲見乾隆皇帝，十一月初二日因病圓寂于西黃寺。

1781年（清乾隆四十六年），乾隆皇帝下令為六世班禪修建金剛寶座式樣衣冠塔——清凈化城塔，次年建成后，乾隆皇帝御書碑文《清凈化城塔記》、《寫壽班禪圣僧并贊》，一塔兩碑完好保存至今。

1859年（清咸豐九年），咸豐皇帝在西黃寺舉行盛大閱兵儀式。

1860年（清咸豐十年），第二次鴉片戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)，西黃寺慘遭劫難。

1898年（清光緒二十四年），四世嘉木樣呼圖克圖駐錫西黃寺。

1900年（清光緒二十六年），八國(guó)聯(lián)軍入侵北京，西黃寺再遭劫難。

1908年（清光緒三十四年），十三世達(dá)賴?yán)镉P見光緒皇帝，駐錫西黃寺。

1921年（民國(guó)十年），七世章嘉呼圖克圖率喇嘛四百名參加西黃寺正月法會(huì)。

1927年（民國(guó)十六年），九世班禪在京組織修葺西黃寺。

1932年（民國(guó)二十一年），國(guó)民政府蒙藏委員會(huì)在雍和宮設(shè)立北平喇嘛寺廟整理委員會(huì)，西黃寺劃歸該委員會(huì)管轄。

1935年（民國(guó)二十四年）左右，清靜化城塔院劃歸班禪駐北平辦事處管轄。

1952年，北京市人民政府組織修繕西黃寺。

1954年，十世班禪來京出席第一屆全國(guó)人民代表大會(huì)期間，親臨西黃寺朝拜清靜化城塔。

1979年8月21日，北京市革命委員會(huì)公布西黃寺為北京市重點(diǎn)文物保護(hù)單位。

1980年，北京市人民政府全面修葺清靜化城塔院。

1983年，西黃寺被國(guó)務(wù)院列為漢族地區(qū)佛教重點(diǎn)寺院。

1987年2月，十世班禪率中國(guó)藏語系高級(jí)佛學(xué)院籌備組進(jìn)駐西黃寺，并對(duì)西黃寺進(jìn)行修繕。

1987年9月1日，由十世班禪大師和時(shí)任中國(guó)佛教協(xié)會(huì)會(huì)長(zhǎng)的趙樸初提議，經(jīng)中央批準(zhǔn)，中國(guó)藏語系高級(jí)佛學(xué)院在西黃寺成立。

1987年11月，十世班禪在西黃寺接見意大利剛堅(jiān)活佛等外賓。

1988年5月23日，十世班禪在西黃寺接見不丹國(guó)師迪果·欽澤法王一行。

2001年6月25日，國(guó)務(wù)院公布清凈化城塔院為全國(guó)重點(diǎn)文物保護(hù)單位。

2002年11月30 日，時(shí)任中央政治局委員、全國(guó)政協(xié)副主席、中央統(tǒng)戰(zhàn)部部長(zhǎng)王兆國(guó)視察西黃寺。

2006年9月22日，舉行西黃寺復(fù)建、修繕工程開工典禮。

2006年11月24日，時(shí)任全國(guó)政協(xié)副主席、中央統(tǒng)戰(zhàn)部部長(zhǎng)劉延?xùn)|視察西黃寺修繕工程。

2007年6月12日，中央統(tǒng)戰(zhàn)部同意中國(guó)藏語系高級(jí)佛學(xué)院成立西黃寺開放籌備組。

2007年12月27日，在中央統(tǒng)戰(zhàn)部禮堂舉行香港新鴻基地產(chǎn)郭氏基金向西黃寺修繕工程捐款簽字儀式。

2009年1月7日，時(shí)任全國(guó)政協(xié)副主席、中央統(tǒng)戰(zhàn)部部長(zhǎng)杜青林視察西黃寺修繕工程。

2013年1月23日，時(shí)任中共中央政治局常委俞正聲視察西黃寺。

2013年10月10-11日，召開首屆黃寺論壇。

2015年7月15日，十一世班禪在西黃寺接受蒙古國(guó)佛教代表團(tuán)拜見。

2015年9月23-24日，召開第二屆黃寺論壇。

2016年12月8-9日，召開第三屆黃寺論壇。

2017年9月8日，時(shí)任中共中央政治局委員、中央統(tǒng)戰(zhàn)部部長(zhǎng)孫春蘭視察西黃寺，并參觀藏傳佛教三級(jí)學(xué)銜展。

2017年12月5日，中央統(tǒng)戰(zhàn)部批準(zhǔn)西黃寺博物館對(duì)外開放。

2017年12月21日，北京市文物局批準(zhǔn)西黃寺博物館備案。

2018年2月8日，中央書記處書記、中央統(tǒng)戰(zhàn)部部長(zhǎng)尤權(quán)視察西黃寺，并參觀藏傳佛教三級(jí)學(xué)銜展。

2018年5月18日，西黃寺博物館正式對(duì)外開放。